4月10日零时起，铁路部门将实行2021年第二季度列车运行图。此次列车运行图调整后，铁路南京站共开行旅客列车501对（直通旅客列车279.5对，管内旅客列车221.5对）。其中日常线470对，周末线14对，高峰线17对。

此次列车运行图调整后，铁路南京站新增徐州、淮安等方向的旅客列车4对，分别为：徐州东～南京C3109/12C3119/8次1对；南京～淮安东C3185/4C3183/6次1对；南京～徐州东C3115/4C3113/6次1对；徐州东～安庆D5515/8/5D5516/7/6次1对。

此次列车运行图调整，途径南京站、南京南站的4对列车运行区段进行了调整，分别为：北京南～绍兴北G165/G166次1对，延伸运行区段为北京南～绍兴东；上海～保定K850/1/0K849/52/49次1对，运行区段调整为上海～平顶山，车次改为K850/1K852/49次；上海～六安G7232/3G7234/1次1对，调整运行区段为上海～舒城东；六安～温州南G7578/5次0.5对，延伸运行区段为六安～苍南；苍南-杭州东G7538次0.5对，延伸区段为苍南-南京南。

此外，铁路南京站管内的溧阳站新增1对北京南-千岛湖复兴号达速列车停靠：北京南-千岛湖G31次，溧阳站（15:01到，15:03开）；千岛湖-北京南G40次，溧阳站（19:32到，19:34开）。此列车的开行，溧阳至北京的运行时间由原来的5小时左右，缩短为3小时49分钟。

铁路部门提醒，此次列车运行图调整，还有部分列车的停站时间发生了变化，列车具体开行情况请以铁路12306网站或手机12306APP为准。