国家最高科学技术奖于1999年设立，每年授予人数不超过2名。2000年度至2017年度，共有29位专家被授予“国家最高科学技术奖”。

　　2000 吴文俊（1919.05～2017.05） 男，数学家，中国科学院院士，中国科学院数学与系统科学研究院研究员。

　　袁隆平（1930.09～） 男，杂交水稻专家，中国工程院院士，湖南省农业科学院研究员。

　　2001 黄 昆（1919.09～2005.07） 男，物理学家，中国科学院院士，中国科学院半导体研究所研究员。

　　王 选（1937.02～2006.02） 男，计算机应用专家，中国科学院院士，中国工程院院士，北京大学教授。

　　2002 金怡濂（1929.09～） 男，计算机专家，中国工程院院士，国家并行计算机工程技术研究中心研究员。

　　2003 刘东生（1917.11～2008.03） 男，地球环境科学专家，中国科学院院士，中国科学院地质与地球物理研究所研究员。

　　王永志（1932.11～） 男，航天技术专家，中国工程院院士，中国人民解放军总装备部研究员。

　　2005 叶笃正（1916.02～2013.10） 男，气象学家，中国科学院院士，中国科学院大气物理研究所研究员。

　　吴孟超（1922.08～） 男，肝胆外科专家，中国科学院院士，中国人民解放军第二军医大学教授。

　　2006 李振声（1931.02～） 男，小麦遗传育种专家，中国科学院院士，中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员。

　　2007 闵恩泽（1924.02～2016.03） 男，石油化工专家，中国科学院院士，中国工程院院士，中国石油化工股份有限公司石油化工科学研究院教授级高工。

　　吴征镒（1916.06～2013.06） 男，植物学家，中国科学院院士，中国科学院昆明植物研究所研究员。

　　2008 王忠诚（1925.12～2012.09） 男，神经外科专家，中国工程院院士，北京市神经外科研究所、首都医科大学附属北京天坛医院教授。

　　徐光宪（1920.11～2015.04） 男，化学家，中国科学院院士，北京大学教授。

　　2009 谷超豪（1926.05～2012.06） 男，数学家，中国科学院院士，复旦大学数学研究所教授。

　　孙家栋（1929.04～） 男，航天技术专家，中国科学院院士，中国航天科技集团公司高级技术顾问。

　　2010 师昌绪（1920.11～2014.11） 男，材料科学家，中国科学院院士，中国工程院院士，国家自然科学基金委员会特邀顾问、中国科学院金属研究所研究员。

　　王振义（1924.11～） 男，血液学专家，中国工程院院士，上海交通大学医学院附属瑞金医院终身教授。

　　2011 谢家麟（1920.08～2016.02） 男，物理学家，中国科学院院士，中国科学院高能物理研究所研究员。

　　吴良镛（1922.05～） 男，建筑学家，中国科学院院士，中国工程院院士，清华大学建筑与城市研究所所长、人居环境研究中心主任。

　　2012 郑哲敏（1924.10～） 男，力学家，中国科学院院士，中国工程院院士，中国科学院力学研究所研究员。

　　王小谟（1938.11～） 男，雷达技术专家，中国工程院院士，中国电子科技集团公司电子科学研究院研究员。

　　2013 张存浩（1928.02～） 男，物理化学家，中国科学院院士，中国科学院大连化学物理研究所研究员。

　　程开甲（1918.08～2018.11） 男，物理学家，中国科学院院士，中国人民解放军总装备部研究员。

　　2014 于 敏（1926.08～） 男，核物理学家，中国科学院院士，中国工程物理研究院研究员。

　　2016 赵忠贤（1941.01～） 男，物理学家，中国科学院院士，中国科学院物理研究院研究员。

　　屠呦呦（1930.12～） 女，药学家，中国中医科学院研究员。

　　2017 王泽山（1935.09～） 男，火炸药学家，中国工程院院士，南京理工大学教授。

　　侯云德（1929.07～） 男，分子病毒学家，中国工程院院士，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所研究员。