在制度建设方面，南京青联严格按照《全国青联改革方案》、《青年联合会组织办法》、《关于加强新形势下全省青联组织自身建设的实施意见》和《中共南京市委关于加强和改进党的群团工作的实施意见》等文件的要求，着力健全制度规范，对各区青联的组织设置、委员会规模、委员的条件标准和作用发挥等方面作出明确规定，严格把好青联委员的推荐、审核、考察、公示等相关程序，按照“控总量、提质量”的原则，采取席位制和协商制的办法产生青联委员。完善主席会议、常委会、界别主任会议制度，完善青联组织运行机制，规范青联工作有序开展。建立市青联各区召集人制度，建立主席、界别主任、秘书长轮值制度。完善由市青联秘书处牵头协调、各界别自主活跃、委员积极参与的青联工作活动机制，做到年初有计划、每月有活动、年终有总结。加强南京市青联与全国青联、江苏省青联以及其他兄弟市青联的交流互动。